本機構では、機構長のリーダーシップにより、欧州分子生物学研究所（EMBL）と新しい日欧国際研究拠点の形成に取り組んでいます。
EMBLは、ハイデルベルグ（ドイツ）に本部を置き、EU諸国を中心とする19ヶ国の出資により運営されている国際的研究機関です。ドイツ、イギリス、イタリア等、欧州5カ所に研究所を有し、世界で最も優れた分子生物学者が集う研究拠点のひとつです。
志村機構長とEMBLのIain Mattaj（イアン マタイ）所長は、2005年7月に学術交流協定を締結しました。
欧州分子生物学研究所(EMBL)との国際連携
自然科学研究機構と欧州分子生物学研究所（EMBL）は、2005年に締結した協定に基づき、(1)学術交流（2）人材交流、(3)技術交流の3方面での交流を行っており、日本側はEMBLと最も近い研究分野を有する基礎生物学研究所が中心となって共同研究を進めています。
両機関の議論を通して、「バイオイメージング」、「エピジェネティクス」、「構造生物学」などが研究テーマに挙げられ、その中の「イメージングサイエンス」、特に「バイオイメージング」から共同研究を開始することになりました。学術交流の一環として、合同シンポジウムを日欧相互に毎年2回継続的に開催しており、研究者間の最新の学術情報の交換、研究者ネットワークの構築に成果を挙げています。
また、ポスドクを中心とする研究者を共同研究や共同研究の模索のために相互の機関に派遣し、先方から来日する者には“Shimura Award”、日本から派遣する者には“Mattaj Award”と呼ばれる助成制度を設け、若手研究者の積極的な交流を促進しています。その他、招へいセミナーなどを行い、EMBL研究者及び日本側の研究者が互いの研究所を相互訪問し、受入れ機関の研究者と直接交流する機会を設けています。更に、技術交流の成果として、EMBLが開発した新型光学顕微鏡（SPIM顕微鏡）の導入が現在進められています。生体の内部構造を3次元で見ることができるSPIM顕微鏡の導入によって、我が国の研究者コミュニティーに全く新たな研究技術と方法論をもたらすものと期待されています。
また、EMBLとの交流については、2007年3月28日にOECD、文部科学省、日本学術振興会が主催したOECD/CSTP/SFRI（経済協力開発機構科学技術政策委員会科学人材問題専門員会）「研究者の国際的流動性に関するワークショップ」（於：パリ）においてポスター発表を行い、その成果を発信しました。
両組織の長のリーダーシップに基づくトップ・ダウン式の強力な連携戦略が組織的に実施されたことにより、欧州の研究者コミュニティーに対して、大学共同利用機関という日本に独自な組織と、機構の国際的プレゼンスを高めることに大きく貢献しています。
「Collaboration Programs with EMBL」
