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自然科学研究機構を構成する各研究所は、運営会議や共同研究委員会、教員の人事委員会などに、大学等の各研究者コミュニティ-を代表するメンバーに入っていただくことで、コミュニティ-に支えられた運営を行っています。共同研究を採択する委員会は過半数が外部委員で構成されています。また、自然科学研究機構に常設された機構長選考会議は全員が外部委員で、経営協議会・教育研究評議会は約半数が外部委員で構成されています。