自然科学研究機構を構成する大学共同利用機関は、運営会議や共同研究委員会、教員の人事委員会などへ、大学・研究機関に所属する、各研究者コミュニティを代表する研究者に多数ご参画いただいています。特に、共同研究を採択する委員会は、構成員の半数以上が外部委員で構成されており、各々の研究分野に根ざした運営が行われています。また機構長選考会議は、全構成員が外部委員から成る ほか、経営協議会は半数以上、教育研究評議会は約半数が外部委員で構成されています。